93學年招收第一屆大學部新生，100學年招第一屆碩士生，104學年增設碩士在職專班。大學入學分數為私校環工第一，超越新設之國立大學。為因應未來發展趨勢，104學年正式更名為環境工程學系。

本系為中原大學之新興科系，橫跨環境、能源、工程三大領域，隸屬於工學院。本系在教學內容實質上具有跨領域之特性，因此在教學規劃上，學生可根據自己將來志願之專業領域需要，選擇適當之課程修習。

結合現代科學與工程技術的課程規劃，本系將以紮實的基礎科學訓練，培養學生獨立思考與創新思維。使畢業生能成為兼具生命科學、環境生態以及工程技術背景之跨領域人才，而目前就業市場中，又以跨領域人才最為難得。